Я предполагаю, что символы >
не являются частью файла.Тогда как насчет:
$ grep "^/" file
/home/ubuntu/CT/data/xml1/NCT0002xxxx/NCT00027222.xml
Если это часть файла, то, например:
$ grep -Po "(?<=^> )/.*" file
/home/ubuntu/CT/data/xml1/NCT0002xxxx/NCT00027222.xml