Итак, вы хотите использовать свою собственную версию GDB для отладки вашего исполняемого файла? Легко!
Откройте терминал и сделайте что-то вроде этого:
$ cd <directory where Xcode project lives>
$ cd build/Debug (for example - depends on project configuration)
$ /usr/local/bin/my-gdb ./MyExecutable
Конечно, указав фактический путь к вашей пользовательской версии GDB.