Массивы PHP имеют семантику копирования при записи. Это означает, что новая память не выделяется для нового массива, пока он не будет изменен. Например:
$a = array(1,2,3);
$b = $a; // $b points to the same memory locations as $a
$b[1] = 4; // $b is copied and the modification is performed
Передача по ссылке может иметь значение, если массивы передаются между различными методами и постоянно изменяются во всех этих локализованных областях. Однако это изменило бы семантику приложения, что означает, что это изменение возможно только в том случае, если массивы не изменяются.
Это означает, что нет никакой пользы от передачи массивов в качестве ссылок. Не делай этого.