Я нашел способ добиться этого:
Сначала я добавил новый скрипт npm в package.json:
"set:registry": "npm config set registry=\"npm repository\"",
Затем в конфигурации run / debug я добавил Before launch: npm script
выполнить set:registry
задачу сценария, чтобы он установил реестр в частный реестр npm перед запуском установки npm.
Примечание: все еще ищите лучший способ сделать это, так как этот обходной путь имеет некоторые изменения вфайл package.json.