Проблема возникает из-за того, что ваши данные являются объектом, и вы передаете их переменной по ссылке, вам необходимо клонировать данные перед их фильтрацией, например
var filteredData = {...data};
var children = filteredData.children;
filteredData= {...filteredData, children: children.filter(children => children.name != d.name);