Вероятно, большинство IDE имеет встроенную поддержку локальной истории, которая позволяет восстановить любое сохраненное состояние проекта.По крайней мере, PhpStorm имеет эту функцию (и, вероятно, все семейство IntelliJ).AFAIK Netbeans поддерживают его к.Поэтому я бы начал с поиска какой-нибудь достойной среды IDE, поскольку это даст вам наилучшую интеграцию с вашим редактором.
Если вам не нравятся среды IDE, вам следует более подробно рассказать о своих требованиях.В текущем состоянии какой-либо инструмент резервного копирования (например, duplicity или rdiff-backup) + cron должен выполнить эту работу.