Похоже, я все сделал хорошо, теперь я могу анализировать файлы Swift с кодом
Swift3Lexer swiftLexer = new Swift3Lexer(CharStreams.fromFileName(file.getAbsolutePath()));
CommonTokenStream commonTokenStream = new CommonTokenStream(swiftLexer);
Swift3Parser swiftParser = new Swift3Parser(commonTokenStream);
Top_levelContext topLevel = swiftParser.top_level(); // it works