Вы, похоже, получаете идентификатор экзамена, поэтому добавьте его в запрос на обновление: попробуйте, как показано ниже:
DB::table('verifications')->with($exams)->->whereIn('exam_id', $exams->pluck('id') )->where([ ['confirmation', 'non'], ['modifier', 'oui'], ])->update(['confirmation' => "oui"]);
Обновление Ответ: у вас уже есть переменная "$ exams", и вам не нужноприсоединиться к любому столу далее: Попробуйте это:
DB::table('verifications')->whereIn('verification.exam_id', $exams->pluck('id') )->where([ ['confirmation', 'non'], ['modifier', 'oui'], ])->update(['confirmation' => "oui"]);