Просто мы все на одной странице:
Для такого инструмента, как PMD, невозможно найти все ошибки SQL-инъекций.
Инструменты могут обнаружить некоторыеочевидно, неправильные шаблоны, но вы не получите помощь сверх того, что вы можете сделать вручную, просто выполнив поиск по всей вашей кодовой базе (используя grep или IDE) для строк, содержащих «SELECT», «INSERT» и «UPDATE», и убедившись, что онине построен с использованием конкатенации.
Ценность PMD и тому подобное не в интеллекте, а наоборот: их глупое, легкомысленное упрямство и настойчивость в том, что определенных шаблонов избегают «на всякий случай».