Создайте разные seetings.py для каждого приложения, например, settings1 и settings2.В настройках 1 добавьте приложение 1 в INSTALLED_APPS
, а в настройки 2 добавьте приложение 2.
Затем вы можете запустить два экземпляра Django, но с другим модулем настроек