У меня была такая же проблема. Я проверил fuslogvw.exe, потому что я знаю, что mstest.exe может запустить ваш тестовый код внутри vstesthost.exe. mstest.exe загружал мой код только для размышления, поэтому в отчете PartCover он показывал 0%.
Чтобы исправить это, я указал / msis.exe параметр / noisolation через partcover.exe. Однако следует отметить, что вам нужно указать все параметры, которые вы указываете для передачи в mstest.exe.
Вот фактическая командная строка, которую я знаю, работает:
partcover --target \path\to\MSTest.exe --include [*]* --target-args "/noisolation /testcontainer:myut.dll" --target-work-dir \path\to\workingdir --output C:\tmp\PartCoverResults.xml