Я хотел бы знать процесс заполнения в деталях алгоритма md5.
Алгоритм MD5 (включая заполнение) описан в RFC 1321 , раздел 3.
Вам нужно больше подробностей о реализации? Я заметил, что ваш вопрос помечен 'java', но вы не спрашивали ни о чем специфичном для Java ...