Я предполагаю, что каталог, который вы пытаетесь удалить, находится в папке сайта.
Когда вы удаляете папку внутри сайта, asp.net перезапускается, что приводит к потере состояния сеанса.
Чтобы избежать этой проблемы
1) Попробуйте реализовать состояние сеанса вне процесса.
OR
2) Переместить папку из папки веб-приложения.