Когда вы устанавливаете пакет с помощью conda, он пытается установить и обновить зависимости требуемого пакета.Я не уверен, почему он хочет удалить scikit, но я думаю, что это связано с каскадом обновлений.Например, у opencv есть зависимость, которая требует обновления из другого пакета, но этот пакет является зависимостью от scikit, но с этим обновлением Конда считает, что scikit больше не будет работать, и это может быть причиной удаления scikit.Возможным решением может быть использование опции --no-update-deps с командой install:
conda install opencv==3.3 --no-update-deps
Если в вашей версии conda нет этой опции, проверьте доступные опции с помощью
conda install --help
и выберите правильный вариант, который отключает обновления зависимостей.