Убедитесь, что вы работаете с пустым массивом, а не со списками списков:
np.around(np.array(MDP).astype(float))
#array([[ 1., 1., 1., 0.],
# [ 1., nan, 1., -1.],
# [ 1., 1., 1., 1.]])
При необходимости вы можете преобразовать результат обратно во вложенный список с помощью .tolist()
.