Я бы рекомендовал использовать проект веб-развертывания. Это скомпилирует ваш веб-сайт и скопирует все файлы, необходимые для развертывания, в новую папку (без файлов с выделенным кодом, поскольку их не нужно развертывать). Вы также получаете немного больше контроля, так как вы можете настроить события до и после сборки.
Например, я настроил событие пост-сборки в проекте веб-развертывания, чтобы выполнить пакетный файл, который копирует некоторые файлы в папку Debug / Release и затем архивирует его, готовый для FTP, для производства сервер.