На вашем скриншоте это выглядит так, как будто вы смотрите на блейд Enterprise Apps.Я считаю, что это покажет только разрешения, которые приложение фактически запросило.
Чтобы изменить то, какие разрешения там отображаются, вам действительно нужно изменить разрешения, запрашиваемые приложением, что будет происходить либо в колонке «Регистрация приложений», либо «Регистрация приложений (предварительный просмотр)» (чуть ниже в списке, гдеу вас уже есть) в зависимости от того, где вы изначально зарегистрировали приложение.
Прямые разрешения SharePoint могут понадобиться только напрямую, хотя, если вы планируете вызывать API-интерфейсы SharePoint, которые не охватываются Microsoft Graph.Вы можете выполнять множество задач в Microsoft Graph напрямую, поэтому перед запросом убедитесь, что вам действительно нужны разрешения SharePoint.