Во-первых, извините, если я скажу что-то очевидное, но вы не дали никаких подробностей о конфигурации вашего проекта и не описали ваши предыдущие попытки решить эту проблему. Так что, может быть, вы уже попробовали все, что я собираюсь предложить ...; -)
В глубине души я бы проверял, использует ли кто-то другой скомпилированные классы, а не только источники.
Кроме того, это зависит от вашей конфигурации: я предполагаю, что у вас установлен флажок «Автоматически строить», что вы строите только через Eclipse (а не, например, через Ant, что позволяет сборка Ant поместила свой вывод куда-нибудь в ваш путь к классам), и что вы не работаете с файлами версий или с файлом .classpath.
Я предлагаю (если вы этого не делаете) выполнять обновления SVN в представлении «Синхронизировать» («Команда» -> «Синхронизировать с репозиторием»), чтобы сразу увидеть, какие входящие изменения вы получили, чтобы лучше отличать случаи, когда ваш проект испорчен от случаев, когда это не так.