Первым именем домена, которое вы укажете с помощью --domains, будет имя, которому предоставлен сертификат, и используемое имя.Дополнительные доменные имена, указанные в дополнительных доменных именах, будут частью SAN (альтернативные имена субъектов).
SAN допускает существование нескольких доменных имен в одном сертификате.