Причина в том, что команда, которую вы используете, не сворачивает окно, а перемещает его положение за пределы экрана.Поэтому, когда вы щелкаете по панели инструментов, она будет минимизироваться / максимизироваться при нажатии, но вы просто не сможете ее увидеть.
Если вы хотите снова сделать окно видимым в своем коде, вы можете простосбросить положение окна с помощью
driver.manage().window().setPosition(new Point(0,0))