На данный момент я использую подход, который, похоже, работает надежно, заключается в создании экземпляра локального менеджера для модели, а затем в атрибуте модели менеджера для интересующей меня модели:
class MyManager(Manager):
...
def my_create_func(self):
...
class MyModel(Model):
...
objects = MyManager()
def data_migration(apps, schema_editor):
model = apps.get_model(...)
manager = MyManager()
manager.model = model
manager.my_create_func()