Неустранимая ошибка после обновления до R 3.5.1 на сервере Ubuntu 18.04 - PullRequest
Новая
       41

Неустранимая ошибка после обновления до R 3.5.1 на сервере Ubuntu 18.04

0 голосов
/ 24 сентября 2018

После обновления R до версии 3.5.1 на сервере Ubuntu 18.04 я получил это сообщение об ошибке fatal error: unable to open the base package Я попытался удалить и переустановить пакет три раза, но я все еще получаю ту же ошибку.Как я могу это исправить?

Это текущая версия R на моем сервере >> 

IN: apt policy r-base

OUT: Installed: 3.5.1-1xenial
  Candidate: 3.5.1-1xenial
  Version table:
 * 3.5.1-1xenial 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/ Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.5.1-1bionic 500
        500 http://ppa.launchpad.net/marutter/rrutter3.5/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.5.0-1xenial 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/ Packages

Обновлено

После попытки выполнить шаги из@ duckmayr

это результат apt policy r-base

r-base:
  Installed: (none)
  Candidate: 3.5.1-1bionic
  Version table:
     3.5.1-1bionic 500
        500 http://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
     3.5.0-1bionic 500
        500 http://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
     3.4.4-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.3-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.2-2xenial2 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.2-1xenial1 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.1-2xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.1-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.4.0-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.3.3-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.3.2-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.3.1-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.3.0-2xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.3.0-1xenial0 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages
     3.2.5-1xenial 500
        500 http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages

и эта ошибка появляется, когда я выполняю sudo apt-get install r-base r-base-core

    Reading package lists... Done
    Building dependency tree
    Reading state information... Done
    Some packages could not be installed. This may mean that you have
    requested an impossible situation or if you are using the unstable
    distribution that some required packages have not yet been created
    or been moved out of Incoming.
    The following information may help to resolve the situation:

    The following packages have unmet dependencies:
 r-base : Depends: r-recommended (= 3.5.1-1bionic) but it is not going to be installed
 r-base-core : Depends: zip but it is not installable
               Depends: unzip but it is not installable
               Depends: libpaper-utils but it is not installable
               Depends: libcurl4 (>= 7.28.0) but it is not installable
               Depends: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0) but it is not installable
               Depends: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0) but it is not installable
               Depends: libtcl8.6 (>= 8.6.0) but it is not installable
               Depends: libtiff5 (>= 4.0.3) but it is not going to be installed
               Depends: libtk8.6 (>= 8.6.0) but it is not installable
               Recommends: r-recommended but it is not going to be installed
               Recommends: r-base-dev but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

иПолучите это при попытке sudo apt install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

 Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
libcurl4-gnutls-dev is already the newest version (7.58.0-2ubuntu3.3).
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:

The following packages have unmet dependencies:
 libssl-dev : Depends: libssl1.0.0 (= 1.0.2g-1ubuntu4.13) but 1.0.2n-1ubuntu5.1 is to be installed
              Recommends: libssl-doc but it is not going to be installed
 libxml2-dev : Depends: libxml2 (= 2.9.3+dfsg1-1ubuntu0.6) but 2.9.4+dfsg1-6.1ubuntu1.2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

1 Ответ

0 голосов
/ 24 сентября 2018

Похоже, у вас установлен пакет Xenial (Ubuntu 16.04) для R 3.5.1, поэтому он может решить вашу проблему, установив версию Bionic (Ubuntu 18.04).У меня есть ответ здесь , демонстрирующий обновление до R 3.5.x в Linux Mint 19, и, как я объясняю здесь , инструкции работают так же хорошо для Ubuntu 18.04 (поскольку Mint - Ubuntu-основан);У меня есть несколько машин под управлением Mint 19 и некоторые Ubuntu 18.04, и я использую один и тот же процесс для обоих.Тем не менее, это, кажется, не совсем дубликат, так как вам нужно выполнить очистку, прежде чем следовать правильному процессу установки, и некоторые шаги, которые вы можете пропустить.Вот что я бы сделал:

1.Удалить текущую установку R

Вы можете сделать это через 

sudo apt purge r-base

Или, если у вас также есть r-base-dev

sudo apt purge r-base r-base-dev

2.Удалить ошибочные репозитории

Вы добавили следующие репозитории:

  1. ppa:marutter/rrutter3.5
  2. https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

Вы должны быть в состоянииудалить их через 

sudo apt-add-repository --remove ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-add-repository --remove 'deb cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/'

3.Установите пакет Bionic для R 3.5.1

. Это соответствует моему руководству, указанному выше, но пропускает этап добавления доверенного ключа, поскольку вы уже это сделали;вы должны быть в порядке, если вы выполните следующее: 

sudo echo "deb http://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt install r-base r-base-dev

Обратите внимание, что я поставил для установки r-base и r-base-dev, но я не знаю, хотите ли выr-base-dev.Я настоятельно рекомендую это.

Затем вы сможете начать новый сеанс R, где вы можете запустить 

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

, чтобы убедиться, что у вас есть все ранее установленные пакеты R.

...