В вопросе не указано, какие значения использовать, если нет 3 ИСТИННЫХ значений, поэтому мы будем использовать 0.
library(dplyr)
library(zoo)
sum3 <- function(z) all(z[, "y"]) * sum(z[, "x"])
df %>% mutate(sum = rollapplyr(df, 3, sum3, by.column = FALSE, fill = 0))
, давая:
# A tibble: 50 x 3
x y sum
<int> <lgl> <int>
1 92 TRUE 0
2 94 TRUE 0
3 28 TRUE 214
4 83 FALSE 0
5 64 TRUE 0
6 52 FALSE 0
7 74 FALSE 0
8 13 TRUE 0
9 66 TRUE 0
10 71 FALSE 0
# ... with 40 more rows