Как я уже ответил на Gitter, dc.graph.js предназначен именно для этой цели.
Пока еще нет высокоуровневой документации или галереи, но вот соответствующаяпример:
Прямоугольный выбор узлов и ребер.
Этот проект находился в невидимом режиме последние пару лет, но в этом году он должен быть официально выпущен.
Конечно, вы можете создать это самостоятельно с помощью d3, но преимущество этой библиотеки в том, что в нее встроено много поведенческих интерфейсов.