Усреднение нескольких файлов .nc - операторы NCO в Linux - PullRequest
0 голосов
/ 24 сентября 2018

У меня есть папка с 60+ файлами netCDF (* .nc).Мне нужно найти среднее значение для всех 60+ файлов данных, но я сталкиваюсь с ошибками в моем терминале.

Поэтому мне просто нужно знать, как усреднить все 60+ файлов и сохранить результат в output.nc file (я знаю, как сделать это с 2 или 3 файлами одновременно, но есть ли способ сделать все 60+?)

Вот что я пробовал: 'ncra data_ncfiles/* dataaverage.nc -> the * должен сообщить Linux, что ВСЕ 60 файлов в папке должны быть усреднены.

Я получаю ошибку: ncra: ERROR nco_sng_sntz() reports character '' from unsanitized user-input string "CbPM_ncfiles/" is not on whitelist of acceptable characters. For security purposes NCO restricts the set of characters appearing in user input, including filenames, to: "abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567890_-.@ :%/". NB: This restriction was first imposed in NCO 4.7.3 (February, 2018), and may cause breakage of older workflows. Please contact NCO if you have a real-world use-case that shows why the character '*' should be white-listed. HINT: Re-try command after replacing transgressing characters with innocuous characters.

Я также пробовал без звездочки, но она не работает

ОБНОВЛЕНИЕ: я попробовал это снова:

ncra data_ncfiles/* dataaverage.nc

и получил эту ошибку:

ncra: ERROR no variables fit criteria for processing ncra: HINT Extraction list must contain at least one record variable that is not NC_CHAR or NC_STRING. A record variable is a variable defined with a record dimension. Often the record dimension, aka unlimited dimension, refers to time. To change an existing dimension from a fixed to a record dimensions see http://nco.sf.net/nco.html#mk_rec_dmn or to add a new record dimension to all variables see http://nco.sf.net/nco.html#ncecat_rnm

1 Ответ

0 голосов
/ 25 сентября 2018

Эта команда

ncra data_ncfiles/* dataaverage.nc

использует расширение оболочки для расширения списка имен файлов.Это будет работать, если ls data_ncfiles/* выдаст ожидаемый список файлов из того же каталога.Ваше сообщение неясно, но вы, возможно, отключили глобализацию с помощью кавычек.

Следующая ошибка, ERROR no variables fit criteria for processing, обычно возникает, когда в вашем вводе отсутствует размер записи.И удивительная ошибка указывает именно на инструкции о том, как обойти проблему.Следуйте этим инструкциям.

...