Мне удалось выяснить, что мне нужно и фиктивный нижний индекс и фиктивный верхний индекс для выравнивания меток.
Надстрочные индексы влияют на расположение нижних индексов.Посмотрите, например, что «DEF» в 3-м и 4-м столбцах находятся на разных высотах по сравнению с «ABC».Это не проблема, за исключением того, что это влияет на базовый уровень.
В следующем хаке все метки выровнены:
ns = c(expression("ABC"[""]^""), expression("ABC"[""]^"+"), expression("ABC"["DEF"]^""), expression("ABC"["DEF"]^"+"), expression("ABC"[""]^""))
boxplot(1:3, 2:4, 3:5, 1:4, 4:5, names=ns)