Пользователь запускает приложение JNLP, которое запускается из браузера.Файл JAR, запущенный JNLP, подписывается сертификатом, выданным доверенным центром сертификации.Когда файл jar запускается в первый раз, пользователю задается вопрос, доверяет ли он подписавшему (не CA - CA уже доверен. 
Когда пользователь говоритда, на моей машине я заметил, что сертификат подписавшего добавляется в это хранилище доверенных сертификатов
C:\Users\<username>\AppData\LocalLow\Sun\Java\Deployment\security\trusted.certs
Однако на клиентском сайте это хранилище доверенных сертификатов не обновляется.даже если пользователь установит флажок «Больше не показывать». Почему это может происходить? Похоже, это хранилище доверия развертывания для конкретного пользователя, а не хранилище доверенных сертификатов JRE. Это хранилище доверия находится в каталоге, для которого у пользователя должны быть разрешения.Так что же может этому помешать?