Ваш шаблон содержит ((?!%endoccupancies%).|\n)* группу чередования, которая соответствует либо символу, отличному от символа разрыва строки, который не запускает подстроку %endoccupancies%, ни символу новой строки (так, например, он не совпадает с окончаниями CRLF).Эта группа количественно определяется с помощью *, и это означает, что каждый символ, соответствующий этой группе, сохраняется в слоте памяти группы 1 и перезаписывается при каждом захвате символа.Это создает огромные накладные расходы для механизма PCRE.
Переписать эту часть с шаблоном [^%]*(?:%(?!endoccupancies%)[^%]*)*.Он соответствует:
[^%]* - 0+ символов, отличных от %(?:%(?!endoccupancies%)[^%]*)* - 0 или более вхождений %(?!endoccupancies%) - a% сразу не сопровождается endoccupancies%[^%]* - 0+ символов, отличных от %