Эти две утилиты делают разные вещи:
SQL Profiler наблюдает за происходящим и сообщает об этом.
Query Analyzer смотрит на код SQL и выясняет, как его запустить.
Query Analyzer использует статистику, чтобы выяснить, что он собирается делать, но результаты представляют собой план действий, даже если отображается статистика.
SQL Profiler впоследствии сообщает о том, что произошло - он более точен, но имеет обратную силу.
Попробуйте обновить статистику, если обнаружите, что Query Analyzer становится очень неточным.