editor.renderIndentGuides: false;
editor.highlightActiveIndentGuide: false;
Вы также можете изменить их цвета (в том числе прозрачный # 0000):
{
"workbench.colorCustomizations": {
"editorIndentGuide.background": "#ff0000",
"editorIndentGuide.activeBackground": "#ff0000",
}