В итоге я отформатировал свой путь из текстового файла с точкой с запятой на разрывах строк и добавил каталоги включения непосредственно в файл .vxproj:
<AdditionalIncludeDirectories>
..\..\some\dir;
..\another\dir;
...
</AdditionalIncludeDirectories>
То же самое также работает для компоновки библиотек:
<AdditionalLibraryDirectories>
...
</AdditionalLibraryDirectories>
<AdditionalDependencies>
some_library.lib;
another.lib;
...
</AdditionalDependencies>