Как сказано в документации, all()
возвращает результат запроса в виде списка.Поэтому пустой результат возвращается как ...
Более того, поскольку вы, похоже, используете только идентификаторы, вы можете запросить UserAbility.ability_id
и выполнить
return [i[0] for i in Session.query(UserAbility.ability_id).filter_by(account_id=account_id).all()]