Второй вариант - использовать mencoder
из проекта MPlayer (опять же, вам придется вызывать его как инструмент командной строки). Основное различие между ffmpeg и MPlayer состоит в том, что первый поставляется с кодеками с открытым исходным кодом, в то время как последний поставляется с множеством кодеков из всех видов источников плюс он использует ffmpeg.
Так что ffmpeg немного проще в использовании, MPlayer может конвертировать во многие другие форматы, но командная строка становится довольно сложной.