Сообщение об ошибке: h5py.h5py_warnings.H5pyDeprecationWarning: dataset.value устарело.Вместо этого используйте набор данных [()] - PullRequest
Новая
       24

Сообщение об ошибке: h5py.h5py_warnings.H5pyDeprecationWarning: dataset.value устарело.Вместо этого используйте набор данных [()]

0 голосов
/ 02 февраля 2019

Я пытаюсь запустить mbin для анализа метилирования.Но получите сообщение об ошибке: h5py.h5py_warnings.H5pyDeprecationWarning: dataset.value has been deprecated. Use dataset[()] instead. для нескольких попыток при попытке извлечь управляющие IPD с помощью buildcontrols.Среда:

  • версия mbin: 1.1.1
  • Версия Python: 2.7.12
  • Операционная система: centOS
  • , работающая под virtualenv

Я думал, что это опять-таки вызвано версией.Что я пробовал: я пробовал на сервере с python 3 и 2. И указал virtualenv для использования python 2 в качестве интерпретатора.mbin был успешно установлен, но buidlcontrols - нет. 

(virtualenv_for_mbin) [yx@localhost virtualenv_for_mbin]$ buildcontrols -i --procs=4 --control_pkl_name=control_means_190201.pkl /data1/yuxiao/userdata1/jobs/016/016504/data/aligned_reads.cmp.h5
2019-02-01 23:36:31 [INFO] Initiating dictionary of all possible motifs...
2019-02-01 23:36:31 [INFO]   - Adding 256 4-mer motifs...
2019-02-01 23:36:31 [INFO] Done: 256 possible contiguous motifs

2019-02-01 23:36:31 [INFO]   - Adding 1024 5-mer motifs...
2019-02-01 23:36:31 [INFO] Done: 1536 possible contiguous motifs

2019-02-01 23:36:31 [INFO]   - Adding 4096 6-mer motifs...
2019-02-01 23:36:32 [INFO] Done: 7680 possible contiguous motifs

2019-02-01 23:36:32 [INFO]   - Adding bipartite motifs to search space...
2019-02-01 23:36:33 [INFO] Done: 194560 possible bipartite motifs

2019-02-01 23:36:33 [INFO] 
2019-02-01 23:36:33 [INFO] Preparing to create new control data in ctrl_tmp
Traceback (most recent call last):
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/bin/buildcontrols", line 10, in <module>
    sys.exit(launch())
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 20, in launch
    extract_controls(opts, control_aln_fn)
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 40, in extract_controls
    opts           = controls.scan_WGA_aligns()
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 352, in scan_WGA_aligns
    reader = openIndexedAlignmentFile(self.control_aln_fn)
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/opener.py", line 52, in openIndexedAlignmentFile
    return CmpH5Reader(fname, sharedIndex=sharedIndex)
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/align/CmpH5IO.py", line 729, in __init__
    self._loadAlignmentInfo(sharedIndex)
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/align/CmpH5IO.py", line 745, in _loadAlignmentInfo
    rawAlignmentIndex = self.file["/AlnInfo/AlnIndex"].value
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "/data2/Software/virtualenv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.py", line 313, in value
    "Use dataset[()] instead.", H5pyDeprecationWarning)
h5py.h5py_warnings.H5pyDeprecationWarning: dataset.value has been deprecated. Use dataset[()] instead.

Я проверил версию Python: 

(virtualenv_for_mbin) [yx@localhost virtualenv_for_mbin]$ python -V
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

Итак, я сразу же попытался запустить новый virtualenv. 

[yx@localhost Software]$ mkdir venv_tmp
[yx@localhost Software]$ cd venv_tmp/
[yx@localhost venv_tmp]$ virtualenv --python=/usr/local/bin/python2.7 .
Running virtualenv with interpreter /usr/local/bin/python2.7
New python executable in /data2/Software/venv_tmp/bin/python2.7
Also creating executable in /data2/Software/venv_tmp/bin/python
Installing setuptools, pip, wheel...
done.
[yx@localhost venv_tmp]$ . bin/activate
(venv_tmp) [yx@localhost venv_tmp]$ python -V
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

Затем я обратился к другому серверу ..... с установленным только Python 2.7. 

(venv_for_mbin) [yuxiao@localhost data_tmp]$ buildcontrols -i --procs=4 --control_pkl_name=control_means_190202.pkl aligned_reads.cmp.h5
2019-02-02 11:06:16 [INFO] Initiating dictionary of all possible motifs...
2019-02-02 11:06:16 [INFO]   - Adding 256 4-mer motifs...
2019-02-02 11:06:16 [INFO] Done: 256 possible contiguous motifs

2019-02-02 11:06:16 [INFO]   - Adding 1024 5-mer motifs...
2019-02-02 11:06:16 [INFO] Done: 1536 possible contiguous motifs

2019-02-02 11:06:16 [INFO]   - Adding 4096 6-mer motifs...
2019-02-02 11:06:16 [INFO] Done: 7680 possible contiguous motifs

2019-02-02 11:06:16 [INFO]   - Adding bipartite motifs to search space...
2019-02-02 11:06:18 [INFO] Done: 194560 possible bipartite motifs

2019-02-02 11:06:18 [INFO] 
2019-02-02 11:06:18 [INFO] Preparing to create new control data in ctrl_tmp
Traceback (most recent call last):
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/bin/buildcontrols", line 10, in <module>
    sys.exit(launch())
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 20, in launch
    extract_controls(opts, control_aln_fn)
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 40, in extract_controls
    opts           = controls.scan_WGA_aligns()
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/mbin/controls.py", line 352, in scan_WGA_aligns
    reader = openIndexedAlignmentFile(self.control_aln_fn)
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/opener.py", line 52, in openIndexedAlignmentFile
    return CmpH5Reader(fname, sharedIndex=sharedIndex)
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/align/CmpH5IO.py", line 729, in __init__
    self._loadAlignmentInfo(sharedIndex)
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/pbcore/io/align/CmpH5IO.py", line 745, in _loadAlignmentInfo
    rawAlignmentIndex = self.file["/AlnInfo/AlnIndex"].value
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "/data1/yuxiao/venv_for_mbin/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.py", line 313, in value
    "Use dataset[()] instead.", H5pyDeprecationWarning)
h5py.h5py_warnings.H5pyDeprecationWarning: dataset.value has been deprecated. Use dataset[()] instead.
(venv_for_mbin) [yuxiao@localhost data_tmp]$ python -V
Python 2.7.12

Тем не менее получено то же сообщение об ошибке.И я надеюсь, что кто-нибудь сможет мне помочь.Огромное спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 31 мая 2019

Как вы сказали, вам нужно использовать новый способ получения скалярных значений.Синтаксис .value все еще работает, но кто хочет видеть розовые предупреждения в Jupyter?

Сообщение не очень интуитивно, как и синтаксис.Так что я изложу это здесь - у вас есть d5py.File с именем f: 

>>> f = h5py.File('temp.h5')
>>> f['path/to/scalar'] = 5
>>> f['path/to/scalar'].value
(...)\site-packages\h5py\_hl\dataset.py:313: H5pyDeprecationWarning: dataset.value has been deprecated. Use dataset[()] instead. "Use dataset[()] instead.", H5pyDeprecationWarning)
5

"Использовать вместо этого набор данных [()]" означает буквально "использовать оператор индексации (__getitem__) и передатьк нему пустое tuple (()). Поэтому последняя строка должна читать: 

>>> f['path/to/scalar'][()]
5

Если вы чувствуете, что это немного странная, экзотическая запись, я могу только сопереживать.

Но в этом есть какой-то смысл - numpy.shape скалярных значений на самом деле ().

...