scale_fill_brewer(palette = "Dark2") не работает в вашем примере, потому что вы не предоставляете fill -эстетику.Вы должны добавить это к вашему боксу.- Метки в
plot_grid предназначены для обозначения отдельных букв (или, по крайней мере, коротких) для ссылки в заголовке.Для вашей цели я бы рекомендовал использовать заголовки на оригинальных сюжетах. - Ваш код довольно сложно прочитать, и вы можете уменьшить количество используемых пакетов.Я также сокращаю название, так как они здесь не так важны и делают все более многословным.
- Я бы вычислял специальную статистику не внутри
ggplot -колла, а до этого в отдельном data.frame.
Пакеты
library(tidyverse)
library(cowplot)
1-й Boxplots
# Calculate special positions for lines first
mydf.1.lines <- mydf.1 %>%
group_by(Urbanisation) %>%
summarise(bot = min(Canopy), top = max(Canopy)) %>%
gather(pos, val, bot:top) %>%
select(x = Urbanisation, y = val) %>%
mutate(gr = row_number()) %>%
bind_rows(tibble(x = 0, y = max(.$y) * 1.15, gr = 1:8))
# Calculate plot limits
xlimits.1 <- with(mydf.1, c(min(Urbanisation) - .5, max(Urbanisation) + .5))
ylimits.1 <- with(mydf.1, c(min(Canopy) * .95, max(Canopy) * 1.05))
Boxplot.1 <-
ggplot(mydf.1, aes(Urbanisation, Canopy, group = Urbanisation)) +
stat_boxplot(geom = 'errorbar', width = .25) +
# Add a fill aesthetics in the geom_boxplot - call:
geom_boxplot(aes(fill = factor(Urbanisation)), notch = TRUE) +
geom_line(data = mydf.1.lines,
aes(x, y, group = gr)) +
theme_light() +
theme(panel.grid = element_blank()) +
coord_cartesian(xlim = xlimits.1, ylim = ylimits.1) +
ylab('Company Index (%)') +
xlab('Urbanisation Index')
New.filled.Boxplot.1 <- Boxplot.1 + scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
2nd Boxplots
Аналог 1-го:
mydf.2.lines <- mydf.2 %>%
group_by(Urbanisation) %>%
summarise(bot = min(Canopy), top = max(Canopy)) %>%
gather(pos, val, bot:top) %>%
select(x = Urbanisation, y = val) %>%
mutate(gr = row_number()) %>%
bind_rows(tibble(x = 0, y = max(.$y) * 1.15, gr = 1:8))
xlimits.2 <- with(mydf.2, c(min(Urbanisation) - .5, max(Urbanisation) + .5))
ylimits.2 <- with(mydf.2, c(min(Canopy) * .95, max(Canopy) * 1.05))
Boxplot.2 <-
ggplot(mydf.2, aes(Urbanisation, Canopy, group = Urbanisation)) +
stat_boxplot(geom = 'errorbar', width = .25) +
geom_boxplot(aes(fill = factor(Urbanisation)), notch = TRUE) +
geom_line(data = mydf.2.lines,
aes(x, y, group = gr)) +
theme_light() +
theme(panel.grid = element_blank()) +
coord_cartesian(xlim = xlimits.2, ylim = ylimits.2) +
ylab('Company Index (%)') +
xlab('Urbanisation Index')
New.filled.Boxplot.2 <- Boxplot.2 + scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
Комбинированные графики
plot_grid(New.filled.Boxplot.1 + ggtitle("A: Observation Period 1"),
New.filled.Boxplot.2 + ggtitle("B: Observation Period 2"),
align = "v",
ncol = 2,
nrow = 1)
Или с правильной спецификацией заголовка и hjust (Спасибо Клаусу Вилке):
plot_grid(New.filled.Boxplot.1 + ggtitle(""),
New.filled.Boxplot.2 + ggtitle(""),
align = "v",
labels = c("A: Observation Period 1", "B: Observation Period 2"),
hjust = 0,
label_x = 0.01,
ncol = 2,
nrow = 1)
Бокс-поле за пределами участка
Проблема заключается в том, что выемки находятся за пределами петель.Если вы установите notch = FALSE для второго графика (или обоих), это не проблема.В качестве альтернативы вы также можете манипулировать ylimits, как вы уже предложили.Функция with просто указывает data.frame (mydf.2), в котором можно найти следующие столбцы.Таким образом, вызов
ylimits.2 <- with(mydf.2, c(min(Canopy) * .95, max(Canopy) * 1.05))
эквивалентен
ylimits.2 <- c(min(mydf.2$Canopy) * .95, max(mydf.2$Canopy) * 1.05)
, и вы можете, например, указать
ylimits.2 <- c(-20, max(mydf.2$Canopy) * 1.05)
Это установит нижний предел на -20 иверхний предел в 1,05 раза превышает максимум индекса Canopy во втором кадре данных.
Данные
mydf.1 <-
structure(list(Urbanisation = c(2, 2, 4, 4, 3, 3, 4, 4, 4, 2, 4, 3, 4, 4, 1,
1, 1, 1, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 2, 2,
2, 2, 4, 4, 3, 2, 2, 2, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
2, 1, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4),
Canopy = c(65, 75, 55, 85, 85, 85, 95, 85, 85, 45, 65, 75, 75,
65, 35, 75, 65, 85, 65, 95, 75, 75, 75, 65, 75, 65,
75, 95, 95, 85, 85, 85, 75, 75, 65, 85, 75, 65, 55,
95, 95, 95, 95, 45, 55, 35, 55, 65, 95, 95, 45, 65,
45, 55)),
row.names = c(NA, -54L), class = "data.frame")
mydf.2 <-
structure(list(Urbanisation = c(2, 2, 4, 4, 3, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 4, 1,
1, 1, 1, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 2, 2,
2, 2, 4, 4, 3, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 1, 1, 4, 4,
4, 4, 4, 4, 4),
Canopy = c(5, 45, 5, 5, 5, 5, 45, 45, 55, 15, 35, 45, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 35, 15, 15, 25, 25, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 15,
25, 15, 35, 25, 45, 5, 25, 5, 5, 5, 5, 55, 55, 15,
5, 25, 15, 15, 15, 15)),
row.names = c(NA, -50L), class = "data.frame")