Как объединить результаты Survidinr с использованием данных, рассчитанных Амелией II? - PullRequest
Новая
       66

Как объединить результаты Survidinr с использованием данных, рассчитанных Амелией II?

0 голосов
/ 27 ноября 2018

Я сейчас использую пакеты «Амелия» и «SurvIDINRI», чтобы вменять недостающие данные, а после этого проводить анализ IDI и NRI.Я мог бы сделать 5 результатов вмененного анализа, как показано ниже (m = 5), но я понятия не имею, как объединить эти результаты, используя пакет Amelia. Кто-нибудь может мне помочь?

scripts 

dat1 <- read.csv("/Users/###/Desktop/dat1.csv")
library(Amelia)
x = data.frame
m = 5
dat1 <- subset(dat1, select=c("time","status","age","copd","nn","dm","bb","ras"))
dat1.out <- amelia(x = dat1, m = 5)
library(survIDINRI)
for(i in 1:m){
 idinri <- dat1.out$imputations[[i]]
 D = subset(idinri, select=c("time","status","age","copd","nn","dm","bb","ras"))
 D$status = as.numeric(D$status==1)
 D=D[!is.na(apply(D, 1, mean)),]; dim(D)
 mydata = D
 t0 = 365
 indata1 = mydata;
 indata0 = mydata[,c(-3)]; n=nrow(D);
 covs1 <- as.matrix(indata1[,c(-1,-2)])
 covs0 <- as.matrix(indata0[,c(-1,-2)])
 x <- IDI.INF(mydata[,1:2],covs0,covs1,t0,npert=200)         

 IDI.INF.OUT(x);
 }

результаты 

    Est.  Lower Upper p-value
M1 0.034  0.000 0.109   0.030
M2 0.203 -0.027 0.402   0.060
M3 0.001 -0.008 0.154   0.607
    Est.  Lower Upper p-value
M1 0.039  0.002 0.127   0.020
M2 0.203  0.019 0.377   0.030
M3 0.002 -0.010 0.162   0.517
    Est.  Lower Upper p-value
M1 0.041  0.002 0.138   0.020
M2 0.203 -0.018 0.367   0.060
M3 0.001 -0.008 0.139   0.488
    Est.  Lower Upper p-value
M1 0.033 -0.001 0.135   0.090
M2 0.130 -0.203 0.392   0.109
M3 0.002 -0.010 0.210   0.547
    Est.  Lower Upper p-value
M1 0.031  0.000 0.119   0.070
M2 0.203  0.000 0.368   0.050
M3 0.001 -0.007 0.187   0.498
...