Во-первых, обратите внимание, что это сообщение является предупреждением, а не ошибкой, и что пакет imagekit правильно установлен в вашей текущей среде.
Теперь о предупреждении: оно говорит вам, что ваша текущая среда содержит версию4.2.3 мезонина и версия 2.0.2 Django, которые не совместимы (мезонин 4.2.3 требует django 1.8 до 1.11).Вы упоминаете, что «делаете вещи, которые не связаны с django», ну почему же тогда в этой среде установлены django и мезонин?Если это глобальные установки (вне virtualenv), то вы делаете это неправильно, вы должны оставить глобальный (системный) env в покое и использовать virtualenvs для своих проектов, чтобы у вас не возникало проблем с нарушенными зависимостями.