Из-за асинхронности. Строка console.log (output) запускается после объявления переменной парсера.В это время выходная переменная не имеет значений.
Вы должны получить доступ к выходной переменной после цикла, когда все данные прочитаны из csv, как указано ниже.
var parse = require('csv-parse');
var fs = require('fs');
var output = []
var parser = parse({
delimiter: ',',
columns: true
}, function(err, csvLine) {
for (var l = 0; l < csvLine.length; l++) {
output.push(csvLine[l].visitortype)
}
console.log(output)
});
fs.createReadStream('file.csv', {
encoding: 'utf8'
}).pipe(parser);