Скрипт (python, applecript, bash) для автоматического преобразования набора пирамидальных плиточных изображений в набор больших tiff с использованием ndpi2tiff?

Question

Я чувствую, что это должно быть действительно простым решением, но я все еще не могу заставить его работать.

У меня есть несколько сотен (еще больше!) Больших пирамидальных плиточных изображений случаев гистопатологии, созданных сканером Хаммамацу, который выводит изображения в формате NDPI, также называемом изображением целых слайдов (WSI).В пакете NdpiTools уже есть инструмент под названием ndpi2tiff, который выполняет сложную часть.Он проанализирует файл ndpi (XYZ.ndpi) и создаст новый файл tiff (XYZ.tif).К сожалению, вы не можете использовать подстановочный аргумент * .ndpi и просто конвертировать все файлы.Было бы нецелесообразно конвертировать их один за другим.Я возился с яблочным скриптом (на Mac, но у меня установлен python) и получал ошибки только в том случае, если входные данные не были направлены на ndpi2tiff ИЛИ он попытался бы воздействовать на каталог / папку, а не на файлы внутри.

Использование: ndpi2tiff -options [image2convert.ndpi]

Находится в / usr / local / bin

https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/

Есть советы?

Answer 1

Цикл Bash for также сделает свою работу:

#!/bin/sh

cd /PATH/TO/YOUR/IMAGES

for filename in `ls *.ndpi`; do
    ndpi2tiff "$filename"
done

Не самый интуитивный язык, но он имеет свои применения.

Answer 2

Вы можете использовать find и -exec в командной строке (bash):

find . -name '*.ndpi' -exec ndpi2tiff -options {} \;

Вы можете использовать любые опции, которые вам нравятся (заменить -options).