Вы имеете в виду, что хотите сделать это во время выполнения (приложение A заставляет панель появиться в приложении B), или у вас просто возникают проблемы с classpath (вы не знаете, как добавить панель к classpath)?
В любом случае ваша панель должна находиться на пути к классу «совершенно отдельного приложения». Есть несколько способов сделать это, самый простой из которых - просто добавить панель (или JAR-файл, содержащий ее) к аргументу JVM -classpath. Затем используйте код типа BrunoRoth или mmyers , чтобы опубликовать его в «совершенно отдельном приложении», чтобы отобразить его.
Если другое приложение должно контролировать, когда панель отображается в «совершенно отдельном приложении», тогда «совершенно отдельное приложение» должно будет предоставить удаленную процедуру (возможно, с использованием RMI), которая вызывает это.