Проблема в том, что Fedora 29 по умолчанию использует python3.При установке autokey-gtk и autokey-common извлекаются следующие зависимости:
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Package Arch Version Repository Size
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Removing:
autokey-gtk noarch 0.95.2-1.fc29 @fedora 376 k
Removing unused dependencies:
autokey-common noarch 0.95.2-1.fc29 @fedora 554 k
gtksourceview2 x86_64 2.11.2-27.fc29 @fedora 3.4 M
pygtksourceview x86_64 2.10.1-18.fc29 @fedora 196 k
python3-xlib noarch 0.23-3.fc29 @fedora 881 k
wmctrl x86_64 1.07-25.fc29 @fedora 67 k
gtksourceview предназначен для python2, а не для python3, который не позволяет autokey открывать окно при попытке запуска.Вам нужно будет установить gtksourceview3 отдельно, чтобы обеспечить правильные библиотеки для autokey-gtk в python3.
# sudo dnf install gtksourceview3 -y