синтаксические ошибки (в R-скрипте)

Question

Я очень сожалею об этом посте, я уверен, что он слишком прост, но я искал и искал и не могу найти никаких ответов!(Да, мой Wi-Fi включен = P-ха-ха) Я строю конвейер для анализа ДНК с использованием BASH, и было бы очень полезно использовать этот скрипт в нем.(Я беру 0% от суммы кредита за его изготовление, но он был опубликован для всех желающих) https://forum.qiime2.org/t/automatic-manifest-maker-in-r/2921 Я никогда раньше не делал никакой работы в R, поэтому еще раз прошу прощения, если это глупый вопрос.

Я подозреваю, что проблема заключается в первых нескольких строках или, возможно, в способе их интерпретации. Вот первые 3 строки

library(tidyverse)

SamplesF <- list.files(path = "Data", pattern = "*.R1.fastq.gz", all.files = 
FALSE,
full.names = TRUE, recursive = FALSE,
ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE)

Вот ошибки

/home/qiime2/Taxonomy.R: line 1: syntax error near unexpected token `tidyverse'
/home/qiime2/Taxonomy.R: line 1: `library(tidyverse)'

Просто для добавления контекста, это на виртуальной машине Ubuntu, для установки и настройки пакетов были запущены следующие команды

conda create -n R-Env -y
source activate R-Env
Install r-essentials and tidyverse package by running:
conda install r-essentials -y
conda install -c r r-tidyverse -y
conda install -c r r-gdata -y

Я вызвал скрипт Taxonomy.R и дал ему chmod + x itбыл создан и в данный момент находится в каталоге ~ 1014 *

Answer 1

При запуске R-скрипта в качестве исполняемого файла необходимо добавить «шебанг» (см., Например, это обсуждение );Итак, в качестве первой строки вашего R-скрипта добавьте следующее:

#!/usr/bin/env Rscript

Затем из терминала вы сможете запустить

source activate R-Env
./Taxonomy.R

(см. краткоеобсуждение Шебанга и Анаконды в другом контексте на этом вопросе переполнения стека ).Обратите внимание, что вам может потребоваться деактивировать, а затем повторно активировать R-Env, чтобы это работало.

Хотя это решит синтаксическую ошибку и позволит запустить ваш R-скрипт, это не гарантирует, что ваш R-скрипт будет работать без постороннихошибки.