Я не думаю, что есть большая разница, веб-служба работает в IIS или Apache, а служба Windows - нет. Вы можете вызывать методы службы Windows, используя удаленное взаимодействие, и вы можете создать службу Windows с помощью WCF. Методы службы Windows также могут возвращать xml или json.
IIS 6 не поддерживает все возможности WCF, поэтому мы создали службы WindowsFF для окон (это называется самостоятельным размещением)
И веб-служба, и служба Windows - это приложения, которые работают в фоновом режиме. Вы можете использовать WCF для создания обоих видов услуг.