Вы можете просто сделать это:
C = [A.'; B.'];
C = C(:);
C будет вектором столбца с желаемыми значениями.
Как это работает, мы сначала соединяем два транспонированных вектора столбцав две строки, а затем используйте оператор Matlab colon
для переплетения значений.