В моем случае это была проблема с roxygen2.Этот пакет создает документацию и файл NAMESPACE, который использует OpenCPU.По какой-то причине roxygen2 не выполнялся автоматически, когда я собрал свой пакет из RStudio (Ubuntu 18.04).Поэтому мне пришлось запускать вручную roxygen2.Это можно сделать несколькими способами:
Из документации roxygen2:
roxygen2::roxygenise() или
devtools::document(), если вы используете devtools, или
Ctrl + Shift + D, если вы используете RStudio.
После этого мне просто нужно было перестроить свой проект и перезапустить отдельный сервер OpenCPU, и все снова начали работать.