В год необходимо создать два ключа, например
<xsl:key name="itemKey" match="/Document/Items/Item" use="Item_Id"/>
<xsl:key name="itemCodeKey" match="/Document/Items/Item" use="concat(Item_Id, '|', Code)"/>
И использовать цикл для каждого , чтобы эффективно использовать count
<xsl:for-each select="/Document/Items/Item[generate-id() = generate-id(key('itemKey',Item_Id)[1])]">
<xsl:sort select="Patent_No" />
<tr>
<td>
<xsl:value-of select="normalize-space(Item_Id)" />
</td>
<td>
<xsl:value-of select="normalize-space(Date)" />
</td>
<td>
<xsl:variable name="count" select="count(key('itemKey',Item_Id)[generate-id() = generate-id(key('itemCodeKey', concat(Item_Id, '|', Code))[1])])"/>
<xsl:for-each select="key('itemKey',Item_Id)[generate-id() = generate-id(key('itemCodeKey', concat(Item_Id, '|', Code))[1])]">
<xsl:sort select="Code" />
<xsl:value-of select="normalize-space(Code)"/>
<xsl:if test="$count != position()">, </xsl:if>
</xsl:for-each>
</td>
</tr>
</xsl:for-each>