Это задание, подходящее для пакета dplyr, входящего в состав tidyverse:
library(tidyverse)
data <- data.frame(treetype = c(1,4,8,3),
Leaves = c(670, 330, 880, 770),
roots = c(25,55,55,25))
limit <- 550
data <- data %>%
dplyr::mutate(New_value = ifelse(treetype+Leaves+roots < limit, Leaves, treetype+Leaves+roots))