Это действительно зависит от организации вашего сервера и от операционной системы.Но в любом случае ресурсы проекта, безусловно, плохой выбор, потому что ресурсы могут заканчиваться файлом war или jar и быть неизменяемыми во время выполнения.
Обычным способом было бы сохранить путь к файлу вресурс проекта.Таким образом, его будет легко изменить во время настройки, и вы сможете выбрать внешнюю папку с соответствующими разрешениями.