Я могу придумать для вас 3 разных варианта ...
1) хранить ваши кометные запросы на домене, который не использует сеансовые куки; В качестве дополнительного преимущества вы также сократите накладные расходы на запрос
2) контролировать время ожидания на стороне клиента. в зависимости от настроек вашего приложения, это может быть немного сложнее, но setTimeout - невероятно простое решение; недостатком является то, что вы не действительно истекаете их, так что сессия технически все еще действительна для сервера, но с другой стороны, вы можете легко дать им приятное предупреждение "ваш сеанс истекает".
3) Отслеживать активность с сервера; Поскольку вы используете кометное решение, вы можете отслеживать сеансы на сервере, а когда сеанс заканчивается, отправить клиенту сообщение, уведомляющее его о завершении сеанса. Это лучший вариант, если вы не можете переключать домены, потому что вы можете удалить сеанс на сервере и одновременно сообщить об этом клиенту.