Я не могу говорить с проблемой Eclispe, так как я только пользователь n00b, но я могу ответить на дополнительный вопрос.
Я работаю в системах в течение нескольких лет, и в итоге по разным причинам пришлось создавать разные ветви одного и того же кода.
Одна из лучших причин для сохранения определенных настроек в определенных для проекта местах заключается в том, что различные параметры и файлы компилятора / sdk / и других могут быть конкретными для каждой ветви и не конфликтовать между ветвями.
Это позволяет, например, выполнить работу по обновлению кодового набора до более нового sdk / компилятора, не влияя на возможность работы с существующим кодовым набором "основной строки" с предыдущим sdk / компилятором, если потребуется возникает.
По моему опыту работы в индустрии компьютерных игр в качестве основной технологии, это происходит много.
Я уверен, что такие же ситуации возникают и за пределами индустрии компьютерных игр, возможно, просто не в том же темпе.